在復發性自然流產患者中，原因比較復雜。大量的臨床研究發現，遺傳因素在復發性自然流產中占有一定的比例。臨床對流產胚胎作核型分析發現，患者中有染色體異常的發生率，明顯大于反復流產夫婦染色體異常率，而且夫婦自身因素及環境因素均可導致胚胎染色體異常。比較常見的染色體異常，如非整倍體、多倍體、染色體異位、倒位以及性染色體異常等，均可造成胚胎發育異常而流產。

　　現代醫學研究證實，很多抗原如組織相容性抗原(HLA)、滋養細胞抗原、血型抗原以及抗磷脂抗體、抗精子抗體、抗核抗體、抗甲狀腺抗體、抗胰島素抗體、封閉抗體等均與自然流產關系密切。女性的全部生殖過程中，如卵子的發生與發育、受精，孕卵的植入，胚胎的發育與胎兒的分娩等，在胎兒與母親之間存在著極其復雜的免疫學問題，當免疫功能異常時則出現自然流產。

　　HLA與自然流產的關系。組織相容性抗原是一類存在于細胞表面并可引起強烈排斥發應的抗原,對孕婦而言，胚胎是半自己半異己的免疫移植物,因而組織HLA在關系到胚胎存活的免疫反應中具有重要的意義。組織相容性抗原可分為A、B、C、D和DR等多種，當發生母體免疫系統排斥胎兒的反應時，則可導致自然流產。

　　血型抗原系統與自然流產的關系。在ABO血型不合夫妻中，約1/5發生流產，其機制是因胎盤屏障上有裂隙或某些缺陷，使胎兒紅細胞有機會經胎盤進入母體，使母親致敏而產生相應抗體，抗體又穿過胎盤干擾胎兒的器官形成和胚胎發育導致流產,當Rh血型不同時，若丈夫為Rh+(陽性)，妻子為Rh-(陰性)時，Rh+(陽性)的胎兒紅細胞可經胎盤進入母體而產生抗體，該抗體自進入胎兒體內使胎兒受損而流產。